Wurden Rembrandt in den 1920er-Jahren noch teilweise über 700 Werke zugeschrieben, geht die Fachwelt mittlerweile davon aus, dass sein Gesamtwerk etwa 350 Gemälde, 300 Radierungen und 1000 Zeichnungen umfasst.
Die Hauptthemen seiner Gemälde und Radierungen sind Historien und Porträts, einschließlich Selbstporträts. Die Historiengemälde und -radierungen behandeln oftmals noch nicht künstlerisch verarbeitete biblische Szenen und Mythen oder setzen ein traditionelles Thema deutlich anders um, als es in Vorbildern geschehen ist. Daneben war Rembrandt ein erfolgreicher Porträtmaler, dem es gelang, die Porträtierten glaubhaft in Handlungen einzubinden. Die Selbstporträts legen Zeugnis von seiner Selbstsicht ab und vermitteln seine Sicht des eigenen Alterungsprozesses. Vor allem die Radierungen zeigen ihn mit verschiedenen Gesichtsausdrücken und Gesten und dienten damit auch Studienzwecken. Rembrandt malte und radierte nur wenige Landschaften und Genreszenen. Mit dem Bild Tote Pfauen ist nur ein Stillleben von Rembrandt bekannt. Von den Zeichnungen fertigte Rembrandt viele allein zu Studienzwecken an, die seinen Schülern zugänglich waren. In einigen hielt er auch kleine Begebenheiten aus seinem Privatleben und andere Eindrücke fest.
Rembrandt signierte seine ersten Bilder mit dem Monogramm RH, später mit RHL, wobei das L für die Stadt Leiden steht. Im Alter von 26 Jahren begann er, seine Werke mit Rembrant zu unterzeichnen. Erst ab Anfang 1633 signierte er mit Rembrandt, der heute verbreiteten Schreibweise seines Namens.
Eine große Zahl von Gemälden Rembrandts lässt sich der Gattung der Historienmalerei zuordnen und zeigt Szenen aus dem Alten und Neuen Testament, Mythen oder Porträts historischer Persönlichkeiten. Dabei entwickelte er eine besonders verdichtete Darstellung und Konzentration der Handlung, so dass weitergehende erzählerische Zusammenhänge in der Abbildung eines bestimmten Augenblickes zum Ausdruck kommen. Der Fokus auf die Historie ergab sich schon aus der Zeit seiner Ausbildung beim berühmten Historienmaler Pieter Lastman, an dessen Themen und Kompositionen Rembrandt sich zunächst orientierte. Ein Beispiel für diese frühe Orientierung ist das Gemälde Steinigung des Heiligen Stephanus aus dem Jahr 1625, das zu den frühsten Werken Rembrandts zählt. Lange Zeit galt es als Gemälde Lastmans, weil es seinen stilistisch stark ähnelte. Rembrandt verwendete die Komposition eines verschollenen Lastman-Gemäldes mit dem selben Thema, nutzte aber bereits den für ihn typischen Einsatz von Licht und Schatten. Die Pharisäer und Ältesten im Bildhintergrund sind als treibende Kräfte hinter der Hinrichtung hell beleuchtet, die ausführende Miliz im Vordergrund verschattet. Dieses Mittel setzte er immer wieder zur Betonung von Personen und Handlungen ein.
Zwischen 1632 und 1646 fertigte Rembrandt einen sieben Gemälde umfassenden Zyklus von Bildern aus der Kindheitsgeschichte Jesu und der Passion. Der Auftrag wurde vom Statthalter Friedrich Heinrich auf Vermittlung Constantijn Huygens erteilt und umfasste ursprünglich die fünf Bilder Kreuzabnahme, Kreuzaufrichtung, Himmelfahrt, Grablegung und Auferstehung, weshalb sich die Bezeichnung als Passionszyklus in der Fachliteratur etabliert hat. Die beiden Gemälde Anbetung der Hirten und Beschneidung im Tempel, das heute nur über eine Kopie bekannt ist, malte Rembrandt erst später als Ergänzung dieses Zyklusses. Die Bilder lieferte Rembrandt in großen Abständen und teils mit Verspätung, weshalb er Huygens mit anderen Bildern zu bestechen versuchte und in diesem Zusammenhang Die Blendung Simsons anfertigte. Der zeitliche Rahmen der Arbeit bedingte auch Unterschiede in den Maßen der Bilder, den Farben, der Größe der Figuren und dem Malstil insgesamt, so dass die Bilderserie keine homogene Arbeit ist. Beim Malen der Kreuzabnahme setzte Rembrandt sich mit einer Komposition von Peter Paul Rubens auseinander, die ihm über einen Stich bekannt war. Rubens hatte den Leichnam Christi bildparallel dargestellt und alle Helfer um diesen herum angeordnet. Diesen Aufbau veränderte Rembrandt grundlegend. Das Kreuz ist schräg gestellt und die Personen sind in Gruppen aufgeteilt, die entweder um Jesus trauern oder bei dessen Abnahme vom Kreuz helfen. Rechts des Leichnams stellte er Nikodemus dar, wie es für solche Historiengemälde üblich war, links von ihm zeigte er Maria, die von zwei Frauen gestützt wird. Ihre Anwesenheit geht nicht auf die Bibel, sondern eine im Mittelalter entstandene Legende zurück. Rembrandt legte bei der Darstellung den Schwerpunkt auf das Leiden des Gekreuzigten. So sind an den Balken des Kreuzes noch die blutigen Spuren der Dornenkrönung, der Annagelung und der Seitenwunde zu sehen. Der Kontrast zwischen Hell und Dunkel betont das Kreuz und den Leichnam, sowie die Hände und Gesichter der Trauernden.
Das 205 Zentimeter hohe und 272 Zentimeter breite Gemälde Die Blendung Simsons gehört zu den bedeutendsten Bildern Rembrandts. Es zeigt eine Episode aus der Geschichte des Richters Simson, den Rembrandt in mehreren Bildern behandelte. Simson war ein Nasiräer, was ihm besondere Stärke verlieh, wenn er sich an drei Bedingungen, wie etwa das Verbot sich Bart und Haare zu schneiden, hielt. Die hier dargestellte Szene schließt sich an das Schneiden des Haares durch Delila an, die ihn an die Philister verriet. Dieser Aspekt der Handlung ist auch in diesem Gemälde aufgegriffen, da Delila im Hintergrund abgebildet ist, wie sie mit dem Haarschopf und der Schere in der Hand flieht. Auch mit den weiteren Personen stellte Rembrandt verschiedene Aspekte der Handlung dar. So musste Simson, nachdem ihm die Haare abgeschnitten worden waren, zu Boden gerungen und gefesselt werden, bevor ihm die Augen ausgestochen wurden. Dies vermittelte Rembrandt über die Kämpfer, von denen einer furchtsam den Schauplatz betritt, ein anderer Simson am Boden hält, einer ihn fesselt und einer die Augen aussticht. Dabei ist die unmittelbare Handlung des Gemäldes der Höhepunkt der Geschichte, das Blenden mit dem eindringenden Messer und das aufspritzende Blut. Der Betrachter kann aber über das Bild die gesamte Handlung rekonstruieren.
Neben dem Streben möglichst viel Handlung, auch über den dargestellten Moment hinaus, in seinen Bildern zu vermitteln und die Handlung auf ihrem Gipfelpunkt wie etwa bei der Blendung Simsons abzubilden, nahm Rembrandt auch äußere Einflüsse aus seiner näheren Umgebung in seine Historien auf. Dies wird am Beispiel der Judendarstellung besonders deutlich. So verwendete Rembrandt über lange Zeit den Juden zugeordnete körperliche Merkmale nur bei Darstellungen in negativen Zusammenhängen, wie etwa bei den Hohenpriestern, und verstärkte diese traditionell dargestellten Gesichtszüge noch. Nach seinem konkursbedingten Umzug studierte er erstmals direkt an jüdischen Modellen. Eine dieser Studien ist das Gemälde Ein Christus nach dem Leben, in dem er den Sohn Gottes, dessen Aussehen sonst dem niederländischer Modelle angeglichen wurde, mit jüdischen Gesichtszügen darstellte.
1653 malte Rembrandt im Auftrag des sizilianischen Aristokraten Ruffo die historische Halbfigur Aristoteles, die zu den bedeutenden Spätwerken Rembrandts zählt. Es folgten später noch zwei weitere Bilder auf Bestellung Ruffos, die Alexander den Großen und Homer zeigen. Er war mit dem Porträt von Aristoteles sehr zufrieden und erwähnte es lobend in einem Brief an den Maler Giovanni Francesco Barbieri, der ein Pendant dazu anfertigen sollte, weil Rembrandt die beiden weiteren bestellten Bilder erst mit großer Verzögerung zu Beginn der 1660er-Jahre lieferte. Auch das Bildnis Alexander des Großen wurde von Ruffo positiv aufgenommen, der aber nach einiger Zeit bemerkte, dass die Leinwand an drei Seiten vergrößert worden war und sich daraufhin beschwerte. Den Homer empfand Ruffo als unvollendet, weshalb er ihn zurückschickte und von Rembrandt Nachbearbeitungen forderte. Die Themen der Bilder scheint Rembrandt selbst gewählt zu haben, da er die beiden folgenden bereits im Aristoteles-Porträt angelegt hat. Der Philosoph ist in einem Moment des Sinnierens dargestellt. Seine rechte Hand hat er auf eine Büste gelegt, die Homer darstellt. Mit der linken Hand berührt er auf Hüfthöhe eine goldene Ehrenkette mit einem Bildnis Alexander des Großen. Darin kommt auch Rembrandts Kenntnis der historischen Zusammenhänge zum Ausdruck. Aristoteles war ein Kenner der Werke Homers und vermittelte sie seinem Schüler Alexander dem Großen.
Rembrandt begann nach seinem Umzug nach Amsterdam, als er dort im Atelier Uylenburghs arbeitete, verstärkt Porträts zu malen und eroberte mit ihnen rasch den Markt für diese Bilder. Dieser Erfolg basierte auf Erfahrungen aus der Historienmalerei, mit denen er die etablierten Bildnismaler überflügelte. Er band die Porträtierten in kleine Handlungen ein, wie etwa die Übergabe eines Briefes durch die Frau an ihren Mann in einem Doppelporträt, was den Bildern Lebendigkeit verleiht. Zudem gelang es Rembrandt, die menschliche Haut besonders realistisch wiederzugeben. Im Vergleich mit anderen Porträtmalern nahm sich Rembrandt mehr Freiheiten heraus, so dass seine Bilder im Vergleich mit anderen Porträts derselben Person die wenigsten Übereinstimmungen der körperlichen Merkmale aufweisen. Der Zweizeiler „Das ist Rembrandts Hand, und das Gesicht von de Gheyn. Staune. Leser, das ist de Gheyn und ist es nicht.“ des Dichters Constantijn Huygens über das Porträt seines Freundes Jakob de Gheyn der Jüngere wird als Kritik an der Darstellung de Gheyns durch Rembrandt oder aber als Sinnieren darüber, dass ein Porträt nicht der Dargestellte selbst, sondern nur ein Abbild von ihm ist, gedeutet.
Das erste von Rembrandt gemalte Gruppenporträt, das seinen Durchbruch als Porträtmaler markierte, ist das 169,5 Zentimeter hohe und 216,5 Zentimeter breite Bild Die Anatomie des Dr. Tulp, das 1632 kurz nach seinem Umzug nach Amsterdam im Auftrag des Prälektors der Chirurgengilde, Nicolaes Tulp, entstand. Es zeigt eine öffentliche anatomische Vorlesung, die zu dieser Zeit alltäglich und populär war. Rembrandt bildete nicht die Porträtierten in einer Reihe ab, wie es Tradition war, sondern stellte sie um den Leichnam versammelt dar. Dessen Sehne am rechten Unterarm ist freigelegt und wird vom Chirurgen mit der Zange angehoben, während er seinen Vortrag hält. Mit Ausnahme Tulps, der auf einem Sessel sitzt, stehen alle Figuren, die als Mitglieder der Gilde zu identifizieren sind, und werden in den für das Verfolgen eines Vortrages typischen Posen abgebildet. So zeigt Rembrandt den konzentrierten Blick auf den Redner ebenso wie einen prüfenden in das Lehrbuch in der rechten unteren Bildecke oder das sachkundige Mustern des Präparates. Somit sind alle Figuren in einem gemeinsamen Geschehen vereinigt. Die einzelnen Gesichtszüge sind deutlicher herausgearbeitet, als es die Situation verlangt, was auf den heutigen Betrachter wie eine übertriebene Pose wirkt. Diese Übertreibung legte Rembrandt jedoch mit der Zeit ab.
Ein Beispiel der zu Beginn der Amsterdamer Zeit entstandenen Einzelporträts ist das 130 Zentimeter hohe und 103 Zentimeter breite Porträt des Predigers Johannes Wtenbogaert, das 1633 von Rembrandt im Auftrag der remonstrantischen Gemeinde gemalt wurde. Es zeigt den Pfarrer Johannes Wtenbogaert, der für kurze Zeit aus seiner Verbannung in die Niederlande zurückgekehrt war. Er hat für den 13. April 1633 in seinem Tagebuch vermerkt, dass er den ganzen Tag für Rembrandt Modell saß. Teile des Bildes, wie die Hände, stammen nicht von Rembrandt selbst sondern wurden von einem Ateliermitarbeiter gemalt. Diese Praxis kam bei einigen Porträts Rembrandts vor, da es nicht ungewöhnlich war, dass in Porträtwerkstätten verschiedene Maler an einem Bild arbeiteten.
Eines der berühmtesten Gemälde Rembrandts ist das Gruppenporträt Die Nachtwache, das 1642 gemalt wurde. Das 363 Zentimeter hohe und 437 Zentimeter breite Bild wurde von der Gilde der Büchsenschützen in Auftrag gegeben, die ein neues Schützenhaus bezog und zum Schmuck des Festsaals mehrere Gruppenporträts bestellte. Rembrandt erfüllte diesen Auftrag wie schon bei der Anatomie des Dr. Tulp, indem er die Porträtierten in eine Handlung einband. Der Kapitän Frans Banning Cocq erteilt den Marschbefehl an Leutnant Willem van Ruytenburgh, der diesen nun weitergibt. Kapitän und Leutnant stehen als Ausgangspunkt der Bildhandlung mittig im Vordergrund. Einzelne Mitglieder der Kompanie haben den Befehl bemerkt und machen sich marschbereit. Die Tätigkeit der Gilde wird von drei Schützen symbolisiert, die verschiedene Phasen des Schusses zeigen. Im linken Vordergrund stopft einer die Büchse, hinter dem Leutnant ist das Mündungsfeuer eines feuernden Schützen zu sehen und rechts vom Leutnant pustet ein alter Mann abgebranntes Pulver von der Zündpfanne. In der linken Bildhälfte stellte Rembrandt zwei kleine Mädchen dar, die als Marketenderinnen auftreten und von denen nur die vordere als Allegorie zu erkennen ist. Sie trägt am Gürtel ein Huhn, dessen Kralle das Symbol der Büchsenschützengilde war, das Trinkhorn der Gilde und eine Pastete. So weist das Bild hin auf die Feier der Gildengemeinschaft mit einer gemeinsamen Mahlzeit. Rembrandt erweckt mit der Andeutung weiterer Figuren im Hintergrund den Anschein, dass die ganze Kompanie anwesend ist, zu der nicht nur Schützen, sondern auch Spieß- und Lanzenträger gehörten. Das Gemälde zeigt einen ganz normalen Aufmarsch der Gilde, weshalb über lange Zeit Titel wie Kapitän Frans Banningh Cocq gibt seinem Leutnant den Befehl zum Aufmarsch der Bürgerkompanie verbreitet waren. Erst als die Firnisschichten nachgedunkelt waren und das Bild deshalb wie eine nächtliche Szene erschien, bürgerte sich gegen Ende des 18. Jahrhunderts der Titel Die Nachtwache ein. Um das Bild ranken sich verschiedene Gerüchte und Anekdoten wie etwa, dass die Dargestellten Mitglieder einer Theatergruppe sind, oder dass sich Rembrandts Ruf als Porträtmaler durch die ungewöhnliche Komposition des Bildes verschlechtert hätte. Diese Spekulationen werden von der Forschung abgelehnt.
Das 99,5 Zentimeter hohe und 83 Zentimeter breite Porträt einer Dame mit Straußenfeder ist ein Beispiel für Rembrandts Frauenporträts und seine Porträts im letzten Jahrzehnt seines Lebens. Ab Beginn der 1660er-Jahre erlebte Rembrandt nach einer längeren Phase mit wenigen Porträtaufträgen einen Anstieg der Zahl dieser Aufträge. Diese Arbeiten sind alle von einem starken Hell-Dunkel und einer ruhigen Haltung der Dargestellten geprägt. Das Porträt der unbekannten Frau, die eine Pfauenfeder in der Hand hält, wird durch zwei helle Dreiecke geprägt. Das obere umfasst den Kopf und die Schulterpartie, das untere die Unterarme, Hände und die Feder. Beide werden von einem schwarzen Bereich der Kleidung. Diese hebt sich nur leicht vom ebenfalls dunklen Hintergrund ab.
Zeit seines Lebens fertigte Rembrandts Porträts an, die ihn selbst mit verschiedenen Gesten und Gesichtsausdrücken, sowie in verschiedenen Rollen zeigen. Das Studium an sich selbst nahm Rembrandt vor allem zu Beginn seiner Laufbahn vor, als er Radierungen anfertigte, die ihn in verschiedenen emotionalen Zuständen und den dazugehörigen Haltungen und Körpersprache darstellen. Im Spätwerk fertigte er stattdessen vermehrt Bildnisse an, die sein Alter zum Thema haben oder in denen er historische Rollen annimmt.
Das 102 Zentimeter hohe und 80 Zentimeter breite Selbstporträt aus dem Jahr 1640 zeigt Rembrandt vor einem hellen, neutralen Hintergrund, so dass die Figur besonders betont ist. Er trägt Kleidung aus Seide und Brokatstoff. Der Mantel ist mit einem Pelzkragen besetzt. Über dem auf einer Barriere aufgestützen Arm liegt eine schwere und kostbare Stola. Als Kopfbedeckung trägt Rembrandt ein Barett. Das Gesicht ist im Halbprofil mit einem melancholischen Ausdruck gemalt. Der Blick ist auf den Betrachter des Bildes gerichtet. In der rechten unteren Bildecke auf der Barriere ist die Signatur Rembrandt f. 1640 sichtbar. Mit der perfekten Malweise und der Darstellung des Porträtierten ähnelt dieses Bild Werken von Raffael oder Tizian.
Rembrandts Alterungsprozess ist in seinen Porträts nachvollziehbar. So zeigen die Bilder ihn mit schütterem Haar und stärker werdenden Falten. Er porträtierte sich jedoch nicht nur, sondern stellte sich zum Teil auch in einen größeren erzählerischen Zusammenhang, indem er historische Rollen einnahm. Ein Beispiel hierfür ist das Selbstporträt als Apostel Paulus aus dem Jahr 1661. Es zeigt den dunkel gekleideten Rembrandt vor einem überwiegend dunklen Hintergrund. Nur die linke obere Bildecke, in der auch die Signatur angebracht ist, ist heller. Der weiße Turban, den er als Kopfbedeckung trägt, ist der hellste Abschnitt des Bildes. In der Hand hält Rembrandt eine Ausgabe des Alten Testaments, dessen Buchstaben der hebräischen Sprache nachempfunden sind. Das Schwert als typisches Attribut des Apostels Paulus von Tarsus, der damit kämpferisch seine Lehren verbreitete und mit einem solchen hingerichtet wurde, ist mit seinem Knauf nur angedeutet. Ein weiteres Gemälde aus dieser Schaffensphase ist das Selbstporträt als Zeuxis aus dem Jahr 1669, das lange Zeit als Darstellung des Demokrit galt. Demokrit galt in der Antike als der lachende Philosoph, aufgrund seiner Lehre von der Wohlgemutheit als höchstes Gut. Mit der Interpretation als Demokrit war auch verbunden, dass Rembrandt sein Altern positiv betrachtete. Nach aktuellem Stand der Forschung stellt dieses Bild jedoch Zeuxis von Herakleia dar, der beim Malen eines Porträts einer hässlichen Frau an einem Lachanfall starb. Damit könnte das Bild auch die Erkenntnis Rembrandts über seine eigene Überheblichkeit und Sterblichkeit symbolisieren. Diese Interpretation gilt jedoch ebenfalls nicht als sicher. So wird angeführt, dass bei Röntgenuntersuchungen festgestellt wurde, dass Rembrandt in einer früheren Version des Bildes nur lächelte und nicht lachte.
Die Insolvenz-Inventarliste Rembrandts von 1656 führt zwölf Landschaftsgemälde von seiner Hand auf, von denen sich nach heutigem Wissensstand acht erhalten haben. Daneben werden ihm 32 Radierungen und zahlreiche Zeichnungen mit Landschaftsdarstellungen zugeschrieben. Landschaftsgemälde standen zu Lebzeiten Rembrandts in der traditionellen Hierarchie der Gattungen unter der Porträt- und Historienmalerei und waren dementsprechend preiswerter. Rembrandt selbst wird sich als Historienmaler gesehen haben. Landschaften zeichnete er bei Wanderungen in der Umgebung Amsterdams eher zu seinem persönlichen Vergnügen. Dies erklärt, warum er nur wenige Landschaftsgemälde schuf, die sich darüber hinaus deutlich von denen seiner Zeitgenossen unterscheiden.
Im Zeitraum zwischen 1636 und 1655 malte Rembrandt einige Landschaftsgemälde, was nicht notwendigerweise bedeutet, dass diese Bilder keine Figuren enthalten. Der Großteil von ihnen zeigt Phantasielandschaften, nur eine Minderheit ist von Rembrandt realistisch gemalt worden. Im Unterschied zu seinen Zeichnungen und Radierungen, die meist weite, offene und realistisch gehaltene Landschaften zeigen, wirken die Gemälde meist bewegungslos und beengt. Im Gegensatz zu den Historien und Porträts unterschieden sich die Landschaftsgemälde Rembrandts stark von den traditionellen Gemälden dieser Gattung. Sie hatten begrenzten Einfluss auf nachfolgende Künstler im England um das Jahr 1800. Während viele italienische und den Italienern nacheifernde Künstler Landschaften der römischen oder griechischen Antike wählten, malte Rembrandt oftmals solche, die eher dem israelischen Raum zugeordnet werden können. Er stellte in seinen Gemälden nicht die Realität dar, wie auch die Maler idealisierter Landschaften. Er ging jedoch noch weiter, indem er auch auf die Basis des Studiums der Natur für das Malen des Bildes verzichtete.
Ein Beispiel für die fantastischen Landschaften ist das Gemälde Landschaft mit Gebäuden, das Rembrandt zwischen 1642 und 1646 schuf. Es ist die klassischste Landschaftskomposition unter seinen Werken und orientierte sich vermutlich an der 1604 entstandenen Landschaft mit der Flucht nach Ägypten von Annibale Carracci, das Rembrandt als Kopie bekannt gewesen sein dürfte. In beiden Bildern dominiert eine Gruppe von Gebäuden den Horizont. Ein Teil von ihnen wird von der Sonne beleuchtet, der andere liegt im Schatten. Die Gebäude gliedern sich farblich und kompositorisch so in die Landschaft ein, dass sie wie natürlich zu ihr gehörend erscheinen. Im Vordergrund ist ein Fluss zu sehen, über den eine Brücke führt. Es ist möglich, dass Rembrandt das Gemälde nicht vollendete und deshalb keine Figuren in das Bild integriert sind.
Eine der realistischen Landschaften ist die 17 × 23 Zentimeter große Winterlandschaft aus dem Jahr 1646. Das kleine Format und die Ausführung lassen vermuten, dass sie auf einer Zeichnung basiert. Die Darstellung des Wetters und der Wolken ist der Realität nachempfunden. Der Vordergrund des Bildes ist relativ leer. In seiner linken Ecke sitzt ein Mann, in seiner rechten Hälfte befinden sich drei weitere Figuren. In der Ausführung ist diese Landschaft nicht so repräsentativ und prunkvoll wie viele andere Winterlandschaften, die im 17. Jahrhundert in den Niederlanden entstanden.
Von den zahlreichen Zeichnungen, die Rembrandt im Laufe seines Lebens anfertigte, sind heute etwa 1000 erhalten. Er verkaufte nur wenige dieser Zeichnungen, der Großteil diente Studienzwecken. Es handelte sich um Skizzen, Vorzeichnungen, Nachzeichnungen und Erinnerungsstützen, die seinen Schülern in der Werkstatt nach Themen geordnet zugänglich waren. Einige Zeichnungen legen Zeugnis davon ab, dass Rembrandt sich mit bestimmten Problemen stärker befasste. So widmete er sich in der zweiten Hälfte der 1630er-Jahre der Symmetrie und Asymmetrie im von Leonardo da Vinci angefertigten Werk Das letzte Abendmahl. Dieses war Rembrandt über einen Stich bekannt und veranlasste ihn, in verschiedenen Zeichnungen den Aufbau dieses Bildes zu studieren. Seine so gewonnenen Erkenntnisse übertrug Rembrandt in das Gemälde Simson an der Hochzeittafel, das Rätsel aufgebend, das sich in der Komposition an das Abendmahl anlehnt.
Im Laufe der Zeit befasste sich Rembrandt immer wieder mit der Darstellung bestimmter Themen, wie etwa der Geschichte von Susanna im Bade. Ein Beispiel der Umsetzung dieser biblischen Erzählung ist die mit roter Kreide angefertigte Zeichnung Susanna im Bade, die um 1637 entstand. Sie orientiert sich kompositorisch an einem Historiengemälde von Pieter Lastman, bei dem Rembrandt studiert hatte. Susanna wird nach der biblischen Erzählung von zwei alten Richtern bedrängt und vor die Wahl gestellt, ihnen zu Willen zu sein oder verleumdet zu werden. Rembrandt übernahm die große Anlage des Bildes, die Gruppierung der Figuren und wesentliche Bildelemente Lastmans in seine Kreidezeichnung. Der Hauptunterschied zum Original liegt in der weiteren Ausgestaltung der Szene, wobei Rembrandt den Dialogcharakter betont. Über die Körpersprache der beiden Alten transportiert er die Alternativen der Susanna: Der linke weist mit dem Daumen auf das Schloss als Drohung mit der Verleumdung und Anklage, der rechte lockt Susanna mit seinem Finger. Letzterer wird von Susanna mit einem abweisenden Blick bedacht, womit ihre Ablehnung des Ansinnens dargestellt wird.
Rembrandt schuf etwa 300 Radierungen, von denen 80 Kupferplatten erhalten geblieben sind. Ihre Verbreitung über Reproduktionen trug zum Ruhm des Künstlers in ganz Europa bereits zu Lebzeiten bei. Die frühen Radierungen Rembrandts weisen deutliche Stilunterschiede zu seinen Zeitgenossen auf und legen nahe, dass er sich dieser Kunstgattung als Autodidakt näherte. Rembrandts Technik war freier als die anderer Künstler, die sich mit regelmäßigen Linien und Schraffierungen dem Kupferstich annäherten, so dass seine Radierungen lebendiger erscheinen. Mit dem Spiel von Hell und Dunkel und der über unterschiedliche Schraffuren erzeugten Perspektive verlieh er ihnen einen malerischen Charakter.
Die Landschaft mit den drei Bäumen aus dem Jahr 1643 gehört zu den ersten realistischen Landschaftsdarstellungen Rembrandts, nachdem er in seinen früheren Gemälden heroische Landschaften mit Obelisken, Wasserfällen und Burgen kreierte. Nun konzentrierte er sich auf die Weite der Landschaft und die Darstellung der Wolken. Die Radierung Die Landschaft mit den drei Bäumen zeigt die für die Niederlande typische flache Landschaft nach einem Gewitter.
Die 38,5 Zentimeter breite und 45 Zentimeter hohe Radierung Die drei Kreuze aus dem Jahr 1653 zeigt eine Interpretation der Kalvarienszene, eines traditionellen Themas von Bildern, dem sich Rembrandt von einem neuen Standpunkt aus näherte. Er fokussierte auf die Reaktionen der Anwesenden auf Jesus Tod und das nachfolgende Erdbeben, sowie die drei Kreuze. Aus dem Himmel brechen Lichtstrahlen hervor, die in ihrer geometrischen Struktur den sakralen Charakter der Radierung herausstellen. Sie beleuchten Jesus und den guten Schächer, während der zweite Räuber im Dunkeln bleibt. Die Wirkung auf die anwesenden Personen stellte Rembrandt auf verschiedene Weisen dar. So ist beispielsweise der Hauptmann auf die Knie gefallen, während am linken Bildrand im Vordergrund ein überwältigter Mann weggeführt wird. Die Darstellung dieses Mannes wurde von Rembrandt dem die Erschütterung des Paulus nach seiner Bekehrung zeigenden Stich von Lucas van Leyden entlehnt. Frauen sind zu Boden gestürzt und jede Figur zeigt auf irgendeine Art und Weise ein Gefühl der Verzweiflung, Angst und Schmerz. Darin rezipierte Rembrandt vor allem Darstellungen aus den Renaissance und der Antike.
Rembrandt begann wahrscheinlich schon in Leiden mit dem Aufbau seiner umfassenden Sammlung verschiedener Objekte und Kunstwerke. Ab 1628 finden sich präzise wiedergegebene exotische und ethnologische Gegenstände in den Werken Rembrandts, die nahelegen, dass die Sammlung auch Studienzwecken diente und Atelierrequisiten beinhaltete. Es könnte sich aber auch um einen Vorrat von wertvollen Gegenständen, die zum Verkauf bestimmt waren, gehandelt haben, da Rembrandt sich auch als Kunsthändler betätigte. Mit dem enzyklopädischen Anspruch der Sammlung könnte Rembrandt sich jedoch auch in den höheren Kreisen der Gesellschaft profiliert haben wollen.
Die Sammlung teilte sich in zwei Bereiche auf, zum einen in die Naturalia wie Korallen und Muscheln, zum anderen in die Artificialia, die Gegenstände wie Münzen, Waffen, Musikinstrumente und Gipsabgüsse von Büsten griechischer Philosophen und römischer Kaiser umfassten. Rembrandt teilte die Kollektion von Kunstwerken in Gemälde, Papierkunst, Kupferstiche und Holzschnitte ein. Sie umfasste unter anderem Gemälde von Meistern, die ihn stark beeinflussten, wie Pieter Lastman und dessen Umkreis, von Hercules Seghers und von befreundeten oder stilistisch nahestehenden Künstlern wie Jan Lievens. Daneben besaß Rembrandt Werke von Palma Vecchio, Lucas van Leyden, Raffael und Peter Paul Rubens. Die Kupferstiche stammten zum Beispiel von Hans Holbein dem Jüngeren und Martin Schongauer. Ein ganzes Album war mit Stichen und Holzschnitten von Lucas Cranach dem Älteren gefüllt. Weiterhin waren Tizian, Mantegna, Michelangelo, Annibale und Agostino Carracci in der Sammlung vertreten.
Infolge seines Konkurses musste sich Rembrandt auch von seiner Sammlung trennen. Aufgrund der vor der Versteigerung erstellten Inventare sind heute noch der Umfang der Sammlung und die darin enthaltenen Werke und Objekte bekannt. Bereits kurze Zeit später, als er in eine kleine Wohnung gezogen war, erwarb er eine neue Sammlung. Dies legt den Schluss nahe, dass das Sammeln für Rembrandt eine Art von Obsession war. Das Museum Het Rembrandthuis in Amsterdam präsentiert eine Rekonstruktion der Sammlung um 1650. Dabei orientierte es sich an den Inventaren, welche die Exponate auch räumlich zuordneten.